本发明涉及直流输电技术领域，公开了柔性直流输电系统的控制方法、装置及存储介质，方法为：当检测到换流器的任一桥臂发生故障的功率模块的数量大于冗余数量阈值时，计算该桥臂的功率模块的第一电容电压的正向峰值，获取可用的功率模块的数量；计算该桥臂的功率模块的当前平均运行电压；根据第一电容电压的正向峰值、可用的功率模块的数量、当前平均运行电压和遍历矩阵，计算遍历矩阵中每一元素对应的最大有功功率限值，以控制柔性直流输电系统的输出功率；遍历矩阵中的元素为柔性直流输电系统能吸收的无功功率值。本发明实现在柔性直流输电系统发生冗余耗尽时，仍可控制柔性直流输电系统保持运行，提高了柔性直流输电系统保持运行的能力。