本发明公开了基于深度学习的三维碎骨分割方法和装置，方法包括：基于获取的三维碎骨网格模型提取顶点坐标与顶点法向量，生成碎骨点云模型；将生成的碎骨点云模型输入至预先训练完成的PointNet++深度神经网络，将得到的顶点碎骨标签概率映射到对应的三维碎骨网格模型，进一步地利用图割法对三维碎骨网格模型进行分割优化获得最终碎骨分割结果。本发明采用几何深度学习中的PointNet++深度神经网络预测碎骨皮质骨与松质骨的分类标记，PointNet++通过分层方式处理度量空间中采样的点集，能提取局部特征捕获到的精细几何结构，较好实现碎骨皮质骨与松质骨分割；再根据三角面片间的平滑程度利用图割法改善分割结果，提高了碎骨分割效率与自动化程度。