本发明公开了一种硫自养反硝化生物载体在缺氧池中的应用方法，涉及微生物法水处理技术领域，为解决硫自养反硝化技术应用时由于传质效果低所引起的一系列问题，本发明提供的技术方案为：将硫自养反硝化生物载体装填于填料单位组件中，形成填料单位，每个缺氧池中设置n组填料单位，每组填料单位中包括m个填料单位，其中，m，n均为不小于1的正整数；同一组的填料单位之间串连，相邻填料单位之间通过绳索相互连接；将每组填料单位通过串连首/尾位置的填料单位固定于缺氧池底部，或悬挂于浮筒或桁架上，使填料单位分散在缺氧池中。使用本发明提供的方法，能够大大提高缺氧池的脱氮效率。