本发明提供了一种新能源电站的短路电流计算方法和系统，包括：根据预先设置的短路电流故障点，基于故障点条件下的灵敏度获得新能源电站中各发电单元的短路计算顺序；按照短路计算顺序对各发电单元的短路电流依次进行迭代计算；根据各发电单元的短路电流，计算新能源电站短路电流；其中，对短路电流进行迭代计算时，根据新能源电站并网点母线电压有效值选择等效模型。该方法和系统避免了传统的短路电流计算方法仅仅将新能源等效为同容量的同步风电机组来考虑，在对含新能源的电力系统进行故障分析时不够精确的问题。同时根据灵敏度制定各单元的短路电流计算顺序，可以优先发挥灵敏节点的无功支撑作用，提高算法整体收敛速度。