本发明涉及数据处理的技术领域，具体涉及一种基于股权穿透的指定企业派系归属分析方法及系统，包括对每个待分析企业信息数据进行采集存储，得到原始信息数据，信息数据包括股东信息数据；根据原始信息数据对每个待分析企业向上发散计算股权链路占比，并确定所述每个待分析企业的全部股东，所述全部股东包括最终股东；通过检索出与所述最终股东相关的关联待分析企业，生成与最终股东相关的第一派系信息数据；对第一派系信息数据进行合并，生成最终派系信息数据；通过对股东信息进行采集存储以及分析，从而计算出每个待分析企业的向上发散计算股权链路占比。对待分析企业进行了基于最终股东的集合划分，为企业关联分析提供支撑。