本发明公开了一种适用于沙雷氏菌基因改造的CRISPR‑Cas9双载体系统，包括：载体pCAS‑p15A‑sacBΔλ‑Red和载体pTarget F‑Gm。本发明弥补沙雷氏菌基因编辑系统方面的局限性，为沙雷氏菌基因功能的验证和沙雷氏菌株次级代谢产物产生机制的研究提供了平台。利用本发明构建的CRISPR‑Cas9双载体系统进行基因luxS的敲除与回补实验，对沙雷氏菌YD25次级代谢产物灵菌红素和Serrawettin W2的共调控机制进行了初步研究。确定了基因luxS对灵菌红素和Serrawettin W2合成的正调控作用。