本发明涉及生物基材料聚羟基脂肪酸酯的制备领域，具体涉及利用吸附剂对聚羟基脂肪酸酯发酵液进行处理的方法和系统以及所得发酵废液的应用。该方法包括：将PHA发酵液进行第一固液分离，得到发酵清液；然后向发酵清液中加入吸附剂，以对其中的杂质进行吸附处理。该系统包括：第一固液分离单元，用于对PHA的发酵液进行第一固液分离，得到发酵清液；吸附单元，用于接收发酵清液，并与吸附剂混合，以对发酵清液中的杂质进行吸附处理。处理后的发酵清液可以回用到下一次发酵中。该方法和系统能够节约发酵成本，减少三废排放，从而有效地降低PHA的生产成本，且能够有效保障PHA发酵菌种的发酵效率和PHA得率。