本发明公开了一种区分小扰动和大扰动的燃气机组一次调频的控制方法及系统，其中方法包括：根据燃气机组所在电网的历史故障数据，获取不同扰动量下的频率变化率；当系统频率输入大于预定的大扰动频差死区，并且所述频率变化率大于大扰动变化率判断值时，输出大扰动一次调频功率，进行系统大扰动调频控制；所述大扰动频差死区为稳态频差的2倍；当系统频率输入小于预定的大扰动频差死区，或者所述频率变化率小于大扰动变化率判断值时，输出普通调频功率，进行系统小扰动调频控制。