本发明公开一种纤芯上移双样品同步检测的光子晶体光纤传感器，包括基底，基底中心设置有大空气孔，大空气孔上部设置有纤芯，纤芯是由六个小空气孔呈正六边形排列后包围在中间的实芯结构，在大空气孔周围的基底上还均匀排列有至少4个中空气孔，在大空气孔内壁和基底的外壁上均设镀金纳米薄膜。本发明采用纤芯上移双样品同步检测的光子晶体光纤传感技术，在Y偏振方向上可以对两种待测液体同时检测，并且利用X偏振方向辅助检测，解决了操作复杂、多次填充待测液体的问题。