本发明公开了一种基于通孔扰动的高次模基片集成波导圆形腔滤波器，包括二阶基片集成波导圆形腔，二阶基片集成波导圆形腔由单个基片集成波导圆形腔中心对称得到，二阶基片集成波导圆形腔包括介质基片，介质基片的上表面设有上金属层，介质基片的下表面设有下金属层，介质基片中沿二阶基片集成波导圆形腔的周向均匀分布有贯穿上金属层和下金属层的金属通孔，同时介质基片中心和四周添加若干贯穿上金属层和下金属层的金属微扰通孔。相对于传统的基于基模的基片集成波导滤波器以及多层和多阶结构的基片集成波导滤波器，本发明结构简单，加工方便，体积更小，频率更高，适用于42～47GHz频段，可以应用到该频段的5G毫米波移动通信系统中。