本发明提供了一种锰基分子筛脱氧剂及其制备方法和应用，属于脱氧剂技术领域。本发明提供的锰基分子筛脱氧剂的制备方法，首先通过自发共沉淀的方法使生成的氢氧化锰纳米胶体均匀沉积于Y型分子筛外表面；再通过梯度真空焙烧的方法使Mn2O3纳米颗粒高度分散于具有十二元环孔道的Y型分子筛空腔内部，最后经过氢气还原后制备出在室温下具有优良脱氧性能的MnO‑Y型分子筛脱氧剂。由于呈高度分散的活性MnO与氧气接触效率更高，使该脱氧剂具有脱除深度高、室温下脱氧容量大，还原过程不易飞温等优点。此外活性锰氧化物的高度分散极大限度的减少了前体锰盐的使用量。可用于N2、Ar、H2、CO、碳氢化合物等原料气的深度脱氧。