本发明公开了一种高清病理影像配准方法、装置、设备及存储介质。本发明方法包括：提取待配准的两张高清病理影像的缩略图；计算两张缩略图的特征点，并进行图像配准，得到配准后的第一特征点；计算出所述第一特征点在所述高清病理图像中的映射点；以所述映射点为中心，在所述高清病理图像中截取预设大小的图块；对所述图块进行图像配准，得到匹配的第二特征点；根据第二特征点计算配准矩阵。本发明通过配准缩略图确定的配准特征点，将高清病理影像划分为多个图块，针对不同的图块间进行配准，再整合得到最终的配准矩阵，与直接对高清病理影像配准相比大大降低了运算量，提高了配准速度。