本发明涉及一种脊柱CT序列图像分割方法及系统，该方法包括训练阶段和测试阶段，训练阶段包括如下步骤：(A1)人工标注；(A2)数据集预处理；(A3)构建全局语义分割网络和局部语义分割网络；(A4)训练全局语义分割网络和局部语义分割网络；测试阶段包括如下步骤：(B1)获取待分割的CT序列图像；(B2)图像预处理；(B3)全局语义分割CT序列图像中的骨性结构以及非骨性组织；(B4)局部语义分割脊柱核心段中的各类非骨性组织；(B5)分割结果合成获取。与现有技术相比，本发明能实现脊柱CT序列图像中骨性结构和各类非骨性组织的快速自动分割，分割结果准确可靠。