本发明公开了一种基于同态运算的协同签名方法及系统，属于信息安全技术领域。本发明方法，包括：接收用户的签名请求及签名文件，生成公钥和私钥，并对公钥和私钥进行存储；根据解析数据生成签名公钥和签名私钥密文；生成协同签名确认协议，传输至用户，请求用户确认协议；针对用户的签名文件生成签名数据，对签名数据进行加密生成签名密文；调用存储的签名密文，对签名密文进行解析，获取签名数据，使用签名数据对用户的签名文件进行签名。本发明保证了签名私钥的安全性，另一方面可起到签名约束作用，保障了签名的权威性。