本发明公开了一种考虑电池寿命的储能电站运行控制方法及系统，包括：获取含储能的快充电站区域的参数数据；根据所述含储能的快充电站区域的参数数据确定储能电站的削峰功率和填谷功率；根据所述含储能的快充电站区域的参数数据确定考虑电池寿命的含储能的快充电站区域储能电站的运行控制目标函数；通过遗传算法确定储能电站的充放电目标功率；以及通过预设的控制策略确定储能电站的最优充放电功率。本发明使得储能电站在参与含储能的快充电站区域削峰填谷控制和提高含储能的快充电站区域的经济收益的同时，兼顾电池使用寿命，使储能电池的放电深度控制在合理范围内，达到延缓电池寿命衰减的目的，提高了含储能的快充电站区域经济性。