本发明提供一种超深低幅度三维地质构造的建立方法及装置，该方法包括：获取勘探地区的探测数据，建立勘探地区的地震三维速度场，探测数据包括地震数据、已钻井数据和测井数据；在勘探地区中设定待钻井区域的虚拟探测点；获取虚拟探测点的地质数据，从已钻井数据中选取与地质数据对应的至少一个已钻井数据作为匹配钻井数据，并根据匹配钻井数据生成虚拟探测点的虚拟钻井数据；根据地震数据以及虚拟钻井数据生成虚拟探测点沿层的虚拟层速度数据；根据从测井数据中获得的拟声波数据和虚拟层速度数据，校正地震三维速度场；根据校正后的地震三维速度场建立勘探地区的三维地质构造图。本发明能够实现对超深低幅度构造的准确性探测。