本发明公开了一种用于立体交叉隧道的振动台试验系统及其制作方法，系统包括U型钢板、有机玻璃板及钢板制成顶面敞开的可视化模型箱，模型箱内垂直于前后侧面设置聚苯乙烯泡沫板，将可视化模型箱分为左幅和右幅，箱内填筑围岩材料，并在箱内左右两侧修筑坡体，所述左幅和右幅内的围岩材料中分别水平埋设两个立体交叉角度不同的隧道模型，隧道模型周围布设若干加速度传感器和动态应变片。本发明振动台试验系统采取分幅对比原则，通过对一个振动台分左右幅同时填筑，可达到同时刻、同频率、同工况对两个不同相交形式的立体交叉隧道的动力响应进行监测的目的，不仅节约成本，而且能同时对立体交叉角度不同的隧道的动力响应进行同阶段监测及分析。