本发明公开了一种基于生物叫声的隐蔽信息传输方法和传输系统，其中传输方法包括：1、发送端采集生物叫声脉冲信号x(t)，提取包络es(t)；2、获取es(t)中每个生物叫声脉冲的时间范围；3、当待发送的第i个码元为”B1”时，对x(t)中的第i个生物叫声脉冲信号xi(t)嵌入标识信号；当待发送的第i个码元为”B2”时，xi(t)信号不做处理；4、发送端将处理过的生物叫声信号发送出；5、接收端对接收到的生物叫声信号y(t)提取包络er(t)，获取每个生物叫声脉冲的时间范围；6、对y(t)中的每个生物叫声脉冲yj(t)判断是否有嵌入信息，如果有嵌入信息，发送端发送的第j个码元为”B1”；如果无嵌入信息，第j个码元为”B2”。该方法能够满足特定场合传输隐蔽信息的需要，通过隐藏通信行为本身，降低秘密信息被截获的几率。