本发明提供一种分离枸杞色素单体的方法，即分离枸杞中玉米黄质、玉米黄质单棕榈酸酯和玉米黄质双棕榈酸酯三种枸杞色素单体的方法。通过本方法可以获得纯度大于85％的玉米黄质、玉米黄质单棕榈酸酯和玉米黄质双棕榈酸酯三种枸杞色素单体。本发明分离成本低，制备过程安全，通过将高速剪切快速提取技术和逆流色谱高效分离技术联用，采用逆流色谱分离两相溶剂作为高速剪切提取溶剂，在提取后直接过滤将提取液进入逆流色谱进行分离，省去中间的步骤，能够实现快速的从枸杞中分离制备纯度达到85％以上的玉米黄质、玉米黄质单棕榈酸酯和玉米黄质双棕榈酸酯三种枸杞色素单体。