本发明提供一种密文数据上标签自动生成的用户行为分析系统及方法，该系统包括A端和B端；所述A端，选择用户行为数据并通过密钥生成模块实现Paillier同态加密同态对数据进行加密并生成公钥和私钥，将公钥和加密后的数据传送到B端；B端通过密文运算模块在密文上进行补充缺失值、密文聚类以及簇类标签自动生成操作，最后将加密的聚类结果以及标签返回给A端；A端通过生成的私钥对加密的用户行为聚类结果以及标签进行解密；A端在进行计算时，调用密文运算模块内的安全通讯协议，将加密后的数据中的基本运算替换为对应的协议。本发明系统及方法对用户行为数据进行加密，整个过程在密文下进行，由两方参与，保证安全性。