本申请提供了一种基于PCIE的数据传输控制系统和方法，包括：分别与PCIE传输模块连接的PCIE读数据模块、PCIE写数据模块和PCIE控制模块；所述传输模块用于传输待读取数据和/或待写入数据；所述读数据模块用于在其连接的第一接口为低电平时，依次写入第一信息，及在其连接的第二接口为高电平时，根据第一信息的写入顺序和次数，依次读取待读取数据；所述写数据模块用于在其连接的第三接口为低电平时，依次写入第二信息，及在其连接的第四接口为高电平时，按照第二信息的写入顺序和次数，将待写入数据写到对应的存储空间；所述控制模块用于根据读取和/或写入数据，修改所述读数据模块和/或所述写数据模块连接的各接口的电平。