本发明提供了一种菌酶协同发酵非粮饲料的方法，步骤包括：使用乳酸菌、酵母菌和枯草芽孢杆菌在发酵罐中制备复合菌液、使用葡萄糖氧化酶、酸性蛋白酶和纤维素酶制备复合酶、使用玉米皮、玉米胚芽粕和艾草制备发酵底物、使用发酵底物、复合酶和复合菌液制备发酵饲料、发酵饲料在呼吸袋中制备最终的非粮发酵饲料；本方法使用安装有单向阀的呼吸袋，饲料厌氧发酵产生的气体只出不进，利于有益菌生长和发酵散热；本方法利用菌酶协同技术发酵非粮饲料玉米皮、玉米胚芽粕和艾草，改善非粮饲料营养价值，提高动物生长性能，降低霉菌毒素含量，发酵饲料有益菌含量高能提高动物免疫力，降低畜禽养殖舍内氨气浓度，为养殖业拓展非粮饲料资源。