本发明属于数据库同步技术领域，具体涉及一种变电站主站系统及数据库同步方法。该方法首先根据备份需求，生成配置文件，将生成的配置文件存储在源端；然后源端依据配置文件，从源端的源数据库提取需备份的数据，并生成备份文件存储在源端指定目录中；最后源端将备份文件通过物理隔离装置发送至目的端指定目录中，供目的端依据备份文件更新目的端的目的数据库，实现源数据库和目的端数据库的同步。本发明无需数据库支持触发器，通用性较高，保证了数据同步的可靠性和通用性。