本发明提供了一种改进动态谐波估计方法和系统，包括：采集电网各支路或母线的同步相量测量装置的谐波电压；将谐波电压带入非线性状态方程与量测方程模型；采用改进Sage-Husa平方根无迹卡尔曼滤波算法，根据非线性状态方程与量测方程模型，对待估测支路进行谐波电流估算，得到待估测支路谐波电流的估算值；其中，改进Sage-Husa平方根无迹卡尔曼滤波算法包括：基于量测更新和遗忘因子，对非线性状态方程与量测方程模型进行状态更新。本发明针对平方根无迹卡尔曼滤波进行电力系统谐波状态估计中无法从未知噪声中得到准确估计结果问题，引入Sage-Husa滤波算法中基于极大后验估计的思想，利用Sage-Husa滤波的遗忘因子，可以实现未知噪声实时动态估测，得到高精度谐波估计结果。