本发明公开了一种植物中羟基肉桂酸酰胺的深度注释方法。首先基于超高效液相色谱-高分辨质谱从植物提取物中非靶向地获取代谢物数据；其次，依据植物中可能存在的羟基肉桂酸酰胺生物合成途径，构建羟基肉桂酸酰胺的超高效液相色谱-高分辨质谱虚拟数据库，该数据库包含：基本的分子信息，如分子式、精确质量数和[M+H]+；基于结构保留预测模型获得的预测保留时间；基于二级质谱特征碎裂规律获得的预测二级质谱特征碎片。最后，将植物提取物非靶向代谢物数据进行虚拟数据库搜库，通过对比一级离子质荷比、二级离子特征碎片和保留时间，进行羟基肉桂酸酰胺的鉴定。本发明方法极大地提高了植物中羟基肉桂酸酰胺的鉴定能力。