本发明提供了一种木香提取物微乳剂及其制备方法和用途。本发明提供的木香提取物微乳剂包括木香提取物、肉豆蔻酸异丙酯、吐温80、二乙二醇单乙醚和去离子水。本发明还提供了所述木香提取物微乳剂的制备方法，所述制备方法包括以下步骤：1)按比例称取肉豆蔻酸异丙酯、吐温80、二乙二醇单乙醚、去离子水和木香提取物，制成混悬液；2)将步骤1)得到的混悬液搅拌均匀，即得。本发明提供的木香提取物微乳剂中，木香烃内酯和去氢木香内酯的透皮速率明显提高。与木香提取物的水溶液相比，本发明的木香提取物微乳剂木香烃内酯和去氢木香内酯的增渗比显著提高。