本发明公开了一种透明半导体材料双面对准标记的制备方法，该制备方法包括如下步骤：根据用户输入的标记工艺参数在透明半导体材料样品正面确定激光入射位置；根据激光入射位置，在透明半导体材料样品内部形成激光标记；根据激光标记，在透明半导体材料样品的背面形成对准标记。本发明实施例提供的透明半导体材料双面对准标记的制备方法，通过在透明半导体材料内部形成激光标记，并根据激光标记在样品背面形成对准标记，因此，该制备方法无需在样品表面形成刻蚀标记，最大限度的保证了样品正面的完整性，不会导致样品中器件结构的破坏，避免了样品表面损伤对样品中器件分布的影响，提高了样品的性能和可靠性。