本发明涉及体内植入用天然多糖技术领域，具体涉及一种体内植入用水溶性海藻酸盐的制备方法。以市售食品级或药用辅料级水溶性海藻酸盐为原料，经微孔过滤及多级活性炭吸附后，再经酸化形成凝胶，此凝胶经碱性溶液洗脱后重新溶解并经多粘菌素B琼脂糖吸附后，在无菌环境下，用有机溶液将海藻酸盐析出并真空干燥，获得体内植入用海藻酸钠。本发明利用物理吸附、亲和吸附及化学螯合的协同作用，去除杂蛋白和内毒素等杂质，其制备过程中无杂质离子引入，避免了离子残留对产品品质的不良影响，所得海藻酸盐纯度高，能够体内植入用；应用折叠膜滤芯及活性炭吸附，完成高黏度液体微孔过滤；采用二流体喷嘴进行分散制粒，适于工业化批量生产。