本发明公开了一种降低淀粉消化率的方法及其应用，属于酶工程技术领域。本发明提供了一种降低淀粉消化率的方法，此方法可用于制备抗性淀粉，且生产效率十分高；利用此方法将糖原分支酶ChlGBE加入淀粉溶液中改性6h，即可使淀粉溶液中抗性淀粉的含量高达35.06％，较未经改性的淀粉溶液提高9.75％；利用此方法将糖原分支酶HosGBE加入淀粉溶液中改性8h，即可使淀粉溶液中抗性淀粉的含量高达47.36％，较未经改性的淀粉溶液提高22.05％；利用此方法将糖原分支酶VvGBE加入淀粉溶液中改性10h，即可使淀粉溶液中抗性淀粉的含量高达51.4％，较未经改性的淀粉溶液提高26.09％。