本发明公开一种超声手术刀刀杆纵向振动频率的校准方法及系统。该方法包括：创建待校准超声手术刀刀杆的有限元仿真模型；对有限元仿真模型进行模态分析，得到多阶纵向振动模态；从多阶纵向振动模态选取振动频率与目标频率范围最接近的纵向振动模态作为目标模态；获取有限元仿真模型在目标模态下轴向各位置处的径向振动位移；确定径向振动位移的多个波腹位置；从多个波腹位置中选取待校准位置，并改变待校准位置处的轴段尺寸直到有限元仿真模型的固有频率在目标频率范围内；轴段尺寸包括轴段长度和轴段直径。本发明的方法及系统能够扩大频率调整范围。