本发明涉及一种柔性直流配电网直流线路单极接地故障的保护方法及系统，当直流线路发生单极接地故障且各换流站直流电压不平衡保护动作出口，则控制闭合所有换流站的换流变中性点接地电阻的旁通开关，并断开半桥型换流站远端的直流断路器；直流线路纵差保护动作，进行换流站直流线路接地故障定位，若半桥型换流站的直流线路发生接地故障，则控制断开故障半桥型换流站近端的直流断路器，并控制断开所有换流站的换流变中性点接地电阻的旁通开关以隔离故障；故障隔离后，控制闭合换流站之前断开的远端的直流断路器以恢复运行。本发明避免了整个系统全部停止运行的现象，降低了电网停电造成的损失，提高了柔性直流配电网的供电可靠性。