本发明提供了一种三疣梭子蟹耐副溶血弧菌的分子标记C242及其应用。所述分子标记C242的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，用于检测该分子标记C242的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。所述的分子标记C242为SNP标记，其副溶血弧菌耐受基因型为AG基因型。本发明提供的分子标记C242可以用于加快三疣梭子蟹耐副溶血弧菌优良性状选育的速度，促进三疣梭子蟹良种培育进程，且不受生长阶段的限制，有利于三疣梭子蟹的健康养殖及可持续发展，因此具有广阔的应用前景。