本发明公开了一种适用于次同步振荡监控装置的数据汇集方法及系统，包括以下过程：根据采样间隔分别采集线路电气量，并在采集的电气量中增加采样时标；从某采样时刻采集到的所有电气量的采样时标中选取同步时标，采用小于采样间隔的时间间隔从所有电气量中寻找与同步时标一致的电气量，作为此采样时刻同步的采样数据；并将此同步的采样数据进行汇集；在同步时标的基础上相加一个采样间隔时间作为下一采样时刻的同步时标，不断重复上述过程逐步实现采样数据汇集。本发明的方法简单、易于实现，实用性强，解决了次同步振荡监控装置无法上送实时采样数据上送监控后台的缺点。