本发明公开了一种径流资料短缺情况下的旬径流分配方法和系统，属于径流资料短缺或无资料地区水文研究领域，所述方法包括：根据构建的二次规划模型对已知的径流资料进行以旬为单位的径流划分；根据评价参数判断划分得到的旬径流量是否达到设定标准，如是，则划分结束；如否，则继续进行划分。本发明方法能够充分利用已有的月径流(年径流资料)资料，对更小时间单位的径流数据进行补充，有效减少现有分配方法的固有误差，无需参数限制，使分配结果更加贴合实际情况，可以应用于无资料水文研究领域中解决相关径流模拟分配问题，简单高效、便于实施，具有广泛的应用价值。