本发明提供了一种聚缩醛组合物及其制备方法，其中聚缩醛组合物包括聚缩醛和助剂；所述聚缩醛和助剂的质量比为1000：1～100：1；所述助剂由环醚和/或环状缩醛与异氰酸酯类化合物共聚而成。聚缩醛组合物的制备方法包括：将环醚和/或环状缩醛、异氰酸酯类化合物、催化剂共混，制备得到助剂；将聚缩醛和助剂熔融混炼，制备得到所述聚缩醛组合物。本发明制备的聚缩醛组合物既具有改善的结晶性能，还可提高聚缩醛的热稳定性，并且结构相容性好，有利于均匀分散。