本申请公开了一种频率估计方法，包括对声表面波传感器的回波信号进行采样，获得信息矩阵；对信息矩阵重构获得重构矩阵；对重构矩阵进行降噪处理，获得降噪矩阵；将降噪矩阵进行快速傅里叶变换FFT，并根据FFT变换的结果计算回波信号的频率。本申请中将回波信号采样得到的信息矩阵进行重构，并对重构矩阵进行降噪处理，获得降噪矩阵，然后利用FFT算法估计出回波信号的频率，通过降噪将信息的冗余部分滤掉，减少了运算量，提高了FFT算法的运算速度，同时避免了无效信息的干扰，提高了FFT算法的频率分辨力。本申请还公开了一种频率估计装置、系统及计算机可读存储介质，与上述频率估计方法具有相同的有益效果。