本说明书实施例提供一种非均质压裂后储层流动数值模拟方法及系统。包括：获取非均质压裂后的离散裂缝网络和改造区储层范围；将所述离散裂缝网络和储层的边界划分为若干裂缝微元和若干边界单元；将储层的流动微分方程变换为相对应的储层的边界积分方程，求解得到所述储层的边界元解；耦合离散裂缝流动方程和储层边界元解，得到离散裂缝网络‑两区流动耦合矩阵；根据离散裂缝网络‑两区流动耦合矩阵对储层进行流动数值模拟。本申请实施例从渗流数学模型建立的角度出发，将人工裂缝、诱导裂缝和天然裂缝形成的压裂缝网抽提为离散裂缝网络‑两区非均质概念模型，可用于模拟不同任意储层两区非均质形态及任意裂缝网络展布组合下的流动行为。