本发明公开了一种基于铁芯漏磁的变压器的故障检测方法，包括：获取变压器正常状态下，一次侧单相匝间故障状态下以及二次侧单相匝间故障状态下的磁通分布；设定第一幅值范围，第一相角范围，第二幅值范围及第二相角范围；获取磁通传感器在任一检测时刻的检测结果，当该时刻的检测结果与正常状态下的检测结果之间的幅值变化量符合第一幅值范围，且相角变化量符合第一相角范围时，确定为一次侧单相匝间故障；当符合第二幅值范围和第二相角范围时，确定为二次侧单相匝间故障。应用本申请的方案，可以降低变压器故障检测成本，且不受负载大小的影响。本申请还提供了基于铁芯漏磁的变压器的故障检测系统及设备，具有相应效果。