本发明的毛细管电泳装置能够保持多个毛细管的每一个的长度方向的温度均匀，因此能够使毛细管电泳装置的分离性能稳定化，能够提高分析性能。本发明的毛细管电泳装置具备：恒温槽，其具有热源、第一导热部件、以及试样检测用的检测窗，且将毛细管保持为预定的温度；毛细管保持件，其具有在与上述第一导热部件之间夹着上述毛细管的第二导热部件，且保持上述毛细管；以及检测部，其对在毛细管内电泳的试样进行检测，该毛细管电泳装置的特征在于，上述检测窗的周围以及上述毛细管的端部的至少一方的上述热源的发热量比除此之外的部位的发热量高。