本发明公开了一种基于裸眼3D显示的视觉训练方法，包括：获取待训练用户的眼球处于正常情况下的第一屈光数据；经过预设时间后，获取所述待训练用户经过散瞳操作后的第二屈光数据；判断所述第一屈光数据与所述第二屈光数据的差值是否大于预设阈值；若是，则根据所述差值制定训练计划；若否，则判定所述待训练用户为非适用人群，停止视觉训练；根据所述训练计划播放3D训练视频。本发明还公开了一种基于裸眼3D显示的视觉训练系统。采用本发明实施例，通过对训练者进行适用性判断、并采用3D训练视频与游戏以提升训练者眼肌运动能力，从而达到有效近视改善。