本发明公开了一种微型垂直起降扑翼飞行器，属于扑翼飞行器技术领域。包括机身、飞行控制系统、舵机、双翅扑翼装置和尾舵，双翅扑翼装置设置在机身的上部，尾舵设置在机身的下部；双翅扑翼装置包括安装在机架上的扑翼驱动部分和扑翼同步运动机构；扑翼驱动部分包括电机和减速齿轮组，电机通过设置在其转轴上的电机轴齿轮与减速齿轮组的输入端齿轮啮合连接，扑翼同步运动机构包括扑动翼和一对结构相同的扑翼驱动结构；扑动翼包括扑动翼摇臂和两对柔性扑动翼；扑翼驱动结构包括偏心轴安装齿轮、偏心轴和连杆；十字型支撑尾舵包括纵向固定舵板和横向调节舵板，纵向固定舵板和横向调节舵板垂直向下且呈十字交叉设置。它具有便于起降、能耗低等特点。