本发明公开了一种面向SSD的基因对比方法及基于此方法的比对系统。本发明所述的方法主要包括获取第一DNA片段和第二DNA片段，在SSD中对两个DNA片段进行对齐处理；从SSD中读取所述两个DNA片段的数据，根据所述两个DNA片段的数据及预设的精度参数确定对比参数；基于对比参数，对所述两个DNA片段进行递进式对比，得到对比结果。本发明结合SSD，一方面减少了数据读写次数；另一方面通过对齐，递进式对比等手段将数据作了一个粗略的筛选，大大减少了需要编辑距离计算的数据的比例，提升了效率，缩短了计算时间。