本发明公开了一种适用于多端柔性变电站的保护配置方法。方法为：将多端柔性变电站分为：交流前保护区，保护范围由交流电源进线到模块化多电平换流器出线；直流前保护区，保护范围由模块化多电平换流器出线到DAB进线；DAB保护区，保护范围由DAB进线到DAB出线；直流后保护区，保护范围由DAB出线到逆变器进线；交流后保护区，保护范围由逆变器出线到交流负载进线；针对不同保护区，采用不同的保护策略，对多端柔性变电站进行保护。本发明能够自由接入直流电源，减少了风电光电等新能源并网时弃光弃风现象的发生，并且对多端柔性变电站进行了完整保护，能够灵活适应多端柔性变电站的多电力电子器件情况。