本发明提供了一种赖氨酸的制备方法及其应用，涉及生物化工技术领域，本发明提供的赖氨酸的制备方法，包括提供产赖氨酸菌株的悬浮菌落，接种至混合发酵培养基中进行发酵，得到发酵液混合物，再将该发酵液混合物固液分离得到发酵液，对发酵液进行提取和纯化。应用产赖氨酸菌株的悬浮菌落进行发酵，能够使菌落在发酵培养基中悬浮，与发酵培养基中的营养液充分接触，大大提高赖氨酸的生产效率。并且，本发明选用豆壳和豆渣为发酵培养基的原料，一方面有效利用废弃农产品加工余料，能够有效降低原料成本，另一方面，豆壳和豆渣含有较多赖氨酸组成物质，便于产赖氨酸菌株用于生产赖氨酸，大大提高赖氨酸的产量。