本发明公开了一种屋面防渗漏变形缝的结构及其施工方法，包括盖板、滑杆和两基座，所述滑杆的两端设置球形导向部，所述基座上设置有与球形导向部配合的导向槽，由于扩大导向槽开口，并控制滑杆厚度的设置，使得滑杆除了能在导向槽内滑移的同时，能够在导向槽内摆动，再通过通孔大于连接螺栓的外径设置，减小连接螺栓对滑杆摆动的限制，从而使得本方案的变形缝结构在X、Y、Z三个方向上都能实现补偿，达到伸缩、沉降和防震三缝合一的效果。此外，由于连接螺栓、连接柱和安装螺栓三者的设置，在安装时先通过连接柱和安装螺栓将压缩弹簧安装在滑杆上，如此连接柱底部抵设在滑杆上，在安装盖板时直接盖上然后通过连接螺栓和连接柱连接即可。