本发明公开了一种多联机热泵系统的控制方法，包括设定所述热泵系统的每一热泵机组的优先级，并根据所述优先级确定所有热泵机组的优先级顺序；将优先级最高的热泵机组选为联机协调控制主机，并将优先级低于所述联机协调控制主机的热泵机组均作为联机协调控制从机；其中，每一所述联机协调控制从机受所述联机协调控制主机控制；在所述热泵系统运行时，所述联机协调控制主机根据所述优先级顺序控制所有热泵机组依次启动或关闭，并根据当前水箱的水位及水温运行加热模式；所述加热模式包括直热加热模式或循环加热模式。本发明能够有效地对多台热泵机组实现联机协调控制，不仅控制方便而且高效节能。本发明还提供了一种多联机热泵系统的控制系统。