本发明属于动物遗传育种和SNP标记及应用领域，具体涉及一种与澳洲白绵羊毛发粗细极显著相关的SNP标记、分子标记及应用。该分子标记核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第111位碱基处存在一个A/G的等位基因突变，且当SEQ ID NO:1上的第111位核苷酸为G时，澳洲白绵羊的毛发较粗。本发明还公开了与澳洲白绵羊毛发粗细相关的分子标记的制备方法及其关联分析方法的应用。本发明为澳洲白绵羊粗毛性状的分子标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记，本发明的SNP分子标记可用于澳洲白绵羊新品系选育及利用澳洲白绵羊培育新品种过程中的选配及早期选择，可提高选择准确性，加快选育及纯化进展。