公开了一种用于染色体异常检测的测序数据自动化分析方法、装置和电子设备。该方法包括：获取原始数据；从用户接收分析指令；基于所述分析指令从所述原始数据获取批次数据；将所述批次数据拆分为样本数据；将拆分后的样本数据进行数据质控；以及，对数据质控成功的每条所述样本数据进行染色体非整倍体及基因微缺失分析以获得分析结果。这样，能够基于用户指令直接从原始数据获得染色体非整倍体及基因微缺失分析结果，从而降低染色体分析的人力和时间成本并提高易用性。