本发明实施例涉及一种传输零点可控的基片集成波导滤波器，包括纵向依次堆叠的第一金属层、第一介质基片层、第二金属层、第二介质基片层以及第三金属层，第二金属层包括并排间隔地设置的输入侧矩形板和输出侧矩形板，输入侧矩形板与输出侧矩形板之间形成耦合缝隙，在耦合缝隙的预定位置设置有调节器件。本发明的实施例提供的传输零点可控的基片集成波导滤波器在小型化的四重折叠基片集成波导谐振腔上设计可调结构，可以调节传输零点在通带的左右位置，进一步增加可调滤波器的抗干扰的灵活性，并且在保证滤波器可调的同时实现滤波器小型化。