本发明提供一种金针菇绿色立体培育室及培育金针菇的方法，设置在培育室壁内的两个气囊，并且上下两侧均设置气囊，在两个气囊内围成一密闭的反应室，所述反应室内部设置空腔，在中间部分为用以装载培养基质的培养基质仓，培养基质仓外侧为反应仓，培养基质仓与反应仓之间通过输料管连通。本发明将反应仓设置在气囊内，并且，反应仓内能够通过输料管输送至物料基质仓内；通过气囊与外界的空气，来调整反应仓室内的温度。在金针菇培育过程中，能够精准控制培养基质的用量，反应仓室内的温度、气体用量等参量。